Az egészségügyi adatok kezelésének, tárolásának és gyűjtésének feltétele és módja nem változik. Az adatokba történő betekintés lehetősége az EESZT bevezetésével csak szigorodik, hiszen sokkal ellenőrzöttebb lesz a folyamatos naplózással és a jogosultsághoz kötöttséggel.

Az adatok és a fenntartott adatbázisok ugyanúgy az egészségügyi intézményeknél, valamint az adatot kérő háttérintézményeknél maradnak, melyeket az EESZT-n keresztül lekérdezéssel lehet megtudni, amit akkor is naplóz a rendszer, ha az nem teljesült. Lekérdezés esetében az adat szolgáltatásánál figyelembe veszi a rendszer a jogosultságot és a vonatkozó önrendelkezési beállítást.