Az Adatfeltöltés menüpontban részletezett adatmigráció – vagyis az EESZT indulását megelőző öt évben keletkezett adatok feltöltése – mellett a fejlesztés következő lépcsője a betegellátás során a kórházi informatikai rendszerekben keletkező elektronikus dokumentumok szabványosítása. Ezzel a rendszerben megtörténik az uniós ajánlásokban és szabványokban szereplő formai és tartalmi egységesítés. Ez igen átfogó munkát jelent, hiszen a kórházi információs rendszerek (HIS) elektronikusan kibocsátott dokumentumainak standardizálását jelenti, és a felmerülő új igényeknek megfelelően fokozatosan újabb dokumentumtípusok bevezetése is szükséges. Ezzel lehetővé válik az adatok teljes gépi feldolgozása és hatékony kereshetősége. Ennek köszönhetően az ellátást végző intézmény szoftverébe automatikusan bekerülnek a más ellátóhelyeken keletkezett információk, amelyek meg is jelennek a beteg kórlapján. Ez nagy horderejű változást jelent, hiszen a rendszerezett és feldolgozott egészségügyi adatok az orvosi döntéseket a jelenleginél magasabb szinten tudják támogatni.